Christian Leuner wurde 1961 in Luzern geboren. Er studierte an der Fachhochschule Nordwestschweiz (vormals HTL) und diplomierte 1986 bei Klaus Vogt und Michael Alder. Seine erste Anstellung hatte er von 1986 bis 1988 im Büro von Klaus Vogt. Anschliessend folgte bis 1990 eine längere Studien- und Bildungsreise nach Indien, Südostasien, Australien und den USA. In Sydney arbeitete er von 1988 bis 1989 bei Harry Seidler. Er hatte dort die Chance, beim Hochhaus «Shell Headquarter» in Melbourne mitzuwirken, und unterrichtete als Assistent an der University of New South Wales bei Prof. John Roberts. 1990 gründete er sein eigenes Architekturbüro und arbeitete mit verschiedenen Architekten zusammen, unter anderem mit Danilo Zampieri. Von 1991 bis 1993 arbeitete er an der ETH Zürich bei Prof. Dolf Schnebli als Entwurfsassistent. Aus der Zusammenarbeit mit Danilo Zampieri entstand 1995 die Leuner & Zampieri Architekten AG in Aarau und Zürich.
In seiner Tätigkeit als praktizierender Architekt erhielt Christian Leuner zahlreiche Preise für Wettbewerbe und Auszeichnungen, unter anderem 1995 den SIA-Preis «Priisnagel» vom Kanton Aargau. 1995 begann er an der ETH Zürich bei Prof. Mario Campi das Nachdiplomstudium «Architektur und Städtebau» und schloss dieses 1997 erfolgreich ab. Nach mehrjähriger Zusammenarbeit zwischen der Leuner & Zampieri Architekten AG und der Fischer Architekten AG schlossen sich 2002, im Rahmen der Nachfolgeregelung des Traditionsunternehmens, die beiden Büros unter der Leitung von Christian Leuner als Hauptaktionär zusammen.
Er ist heute der Geschäftsführer der Fischer Architekten AG und leitet zusammen mit Simon Edelmann die Entwurfsabteilung.